1次構造と2〜4次構造で大別される。
これは1次構造が平面構造であるのに対して、2〜4次構造(高次構造)では立体構造を説明しているからである。
高次構造では熱や酸によって立体構造が変化する。これにより蛋白質の形状が変化し、蛋白質の性質が変化(変性という)する。