表面積を増やすために、３つのレベルの凹凸があります。
ひだが肉眼レベルにあり、粘膜が波状になっています。
絨毛が光学顕微鏡レベルにあり、上皮が絨毯の毛のようになっています。小腸には多いのですが、大腸にはあまりありません。
微絨毛が電子顕微鏡レベルにあり、上皮細胞膜の細胞膜に凹凸があります。
粘膜、筋層、漿膜の３層が基本構造です。
粘膜の最内側に上皮があります。
筋層には縦走筋と輪走筋とがあります。ただし胃は大きく、筋層は（最内側に斜走筋もあり）3層構造になっています。筋肉は当然、平滑筋です。
また、神経叢があり、粘液の分泌や、筋収縮をコントロールしています。